Masa jabatan Rektor Universitas Cenderawasih Pengganti Antar Waktu (PAW), Dr. Onesimus Sahuleka, SH.,M.Hum, berakhir pada tanggal,05 Juni 2017 namun mengalami perpanjangan lagi sampai dengan paling lambat 6 (enam) bulan atau dilantiknya pejabat defenitif. Belum sampai enam bulan perpanjangan jabatan tadi pagi telah dilaksanakan pemilihan Rektor baru, Senin, 04 September di gedung Rektorat Uncen, Kampus Waena.
Pemilihan dihadiri oleh para anggota Senat yang berjumlah 36 orang dan perwakilan Kemristekdikti 1 (satu) orang yang memiliki hak memilih sebesar 35% atau 19 suara sehingga total yang berhak untuk memberikan suara adalah 55.
Adapun calon Rektor terpilih terdiri dari : 1. Dr.Ir. Apolo Safanpo, ST.,MT, 2. Prof.Dr.Drs. Agustinus Fatem,MTdan 3. Dr. Marthinus Salossa, SH.,M.Hum.Kegiatan pemilihan Rektor diawali dengan menyanyikan Lagu Hymne Uncen, Doa, Pembacaan tatacara pemilihan dilanjutkan dengan pemilihan.
Suasana hening melingkupi ruangan pemilihan ketika dilakukan penghitungan suara yang pada akhirnya suara terbanyak dimenangkan oleh Dr.Ir.Apolo Safanpo, ST. MT dengan jumlah suara sebesar 38.
Dengan demikian Rektor terpilih Uncen periode 2017-2021 adalah Dr.Ir.Apolo Safanpo, ST.,MT. Selamat bagi Rektor terpilih.