Sampai saat ini Universitas Cenderawasih memiliki 8 fakultas yaitu:
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP)
- Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP)
- Fakultas Hukum (FH)
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB)
- Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA)
- Fakultas Teknik (FT)
- Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM)
- Fakultas Kedokteran (FK)
