Universitas Cenderawasih, sebagai universitas tertua di Papua berkeinginan menjadi universitas sebagai kampus internasional yang multikultur untuk itu rencana strategi Uncen 2015-2019 yang secara umum mencakup analisis situasi, kebijakan, sasaran, program dan indikator capaian kinerja dapat dipergunakan sebagai landasan penyusunan kegiatan dalam mencapai indikator kinerja yang dituangkan dalam Rencana Operasional (Renop) tahunan.
Kondisi Uncen saat ini mampu melaksanakan tri dharma perguruan tinggi yang dibuktikan dengan: (1) dukungan terhadap upaya pengembangan kelembagaan dan pemahaman yang baik oleh seluruh unsur organisasi terhadap visi dan misi Uncen; (2) Tersedianya unit pelaksana penjaminan mutu yang telah dilembagakan secara struktural, serta prosedur pelaksanaan penjaminan mutu yang telah disahkan, tapi dalam implementasinya mengalami kendala terkait dengan SDM, komitmen dan prasarana pendukung pelaksanaan penjaminan mutu. (3) Tersedianya unit dan prosedur audit internal dibidang akademik maupun nonakademik; (4) Komitmen Uncen yang kuat untuk memberikan perluasan akses pendidikan tinggi kepada masyarakat yang kurang mampu, termasuk masyarakat pedalaman yang terisolasi; (5) Reputasi Uncen yang baik di mata publik dan pemerintah, terutama di Papua; (6) Jaringan kemitraan dengan institusi didalam maupun diluar negeri; Komitmen universitas untuk membekali calon lulusan memasuki dunia kerja. Hal tersebut dibuktikan dengan adanya Pembentukan Unit Pusat Pengembangan Karir (Career Development Center – CDC).
Sampai Desember 2016, dosen tetap Uncen berjumlah 608 orang, dengan kualikasi S3= 95 orang (16%), S2= 439 orang (82%). Sebagian dosen S3 akan bertambah lagi karena masih ada yang melanjutkan pendidikan. Keadaan jumlah dosen Uncen berdasarkan jabatan fungsional, hingga bulan Desember 2016 terdapat Guru Besar sebanyak 18 orang (3,59%), Lektor Kepala sebanyak 80 orang (13,16%), Lektor sebanyak 195 orang (32,07%), tenaga pengajar (20,07%). Selanjutnya dosen tidak tetap relatif kecil jumlahnya, yaitu sebanyak 59 orang dosen tidak tetap, ini dapat dikatakan bahwa Uncen tidak tergantung pada dosen tidak tetap atau dari luar Uncen dalam proses pembelajaran dan kegiatan akademik lainnya.
Uncen yang memiliki lahan seluas 2.325.346 m2 dan 982,29% dari lahan tersebut telah bersetikat, ada sekitar 88,85 % lahan yang digunakan untuk pengembangan kampus sedangkan sisanya dimanfaatkan untuk perumahan dan mess Uncen. Gedung yang dimiliki Uncen yang dipergunakan dalam pengembangan kampus terdiri dari gedung Rektorat, Gedung Bersama Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu (LP2M) dan Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM), Gedung Pusat Kegiatan Mahasiswa, dan 39 gedung fakultas, museum, Auditorium, GOR, Stadion Mahacendra. Terdapat 17 ruang laboratorium dengan total luas sekitar 4.252,85 m2 yang tersebar di masing-masing fakultas dan prodi.
Pengembangan laboratorium didukung oleh instansi dalam dan luar negeri, antar lain program PT. Freeport Indonesia, Kementerian Pekerjaan Umum dan lain-lain, baik dalam bentuk peralatan maupun pelatihan. Laboratorium di Uncen didominasi oleh laboratorium bidang eksakta di Fakultas Teknik, FMIPA, FKIP dan Fakultas Kedokteran baik di Kampus Abepura maupun di Kampus Waena yang terbagi atas kategori laboratorium kimia (organik dan bio kimia), selanjutnya laboratorium biologi (biososiologi, botani dan genetika), laboratorium teknik, laboratorium penjaskesrek, laboratorium hukum, laboratorium perkantoran dan laboratorium komputer dan laboratorium serangga Papua.
