PROF. R. SOEGARDA PURBAKAWATJA
Ketua Presidium/ Rektor Uncen I Periode 1962 – 1967
Rektor Universitas Cenderawasih dari masa ke masa adalah sebagai berikut:
- Ketua Presedium /Rektor Uncen I, periode 1962 – 1967 PROF.R.SOEGARDA POERBAKAWATJA.
Dalam pidato pembukaan berdirinya Uncen, 10 November 1962, mengatakan Syukur atas berdirinya Lembaga Pendidikan Tinggi yang membuka kemungkinan yang luas untuk perkembangan jiwa putra- putra Irian Barat dan perkembangan kehidupan Rakyat Irian Barat pada umumnya, Lembaga Pendidikan Tinggi yang akan mengejar keterlambatan kemajuan Rakyat Irian Barat. Lembaga Pendidikan Tinggi yang akan mengembalikan harga diri dari putra-putra Irian Barat dan Rakyat pada umumnya sebagai manusia yang mempunyai hak penuh atas kebebasannya untuk berbicara, berpikir dan berbuat sesuai dengan sifat sebagai makhluk yang bermasyarakat. - Ketua Presedium Uncen, Periode 1967 – 1968, BRIGJEN.TNI.R.BINTORO (PANGDAM XVII / CENDERAWASIH)
- Ketua Presedium Uncen, Periode 1968 – 1969, ADY ANDOYO SUTJIPTO, S.H. (KETUA PENGADILAN TINGGI PROPINSI IRIAN JAYA)
- Rektor Uncen, Periode 1969 – 1970, KOLONEL AUGUST MARPAUNG
- Rektor Uncen, Periode 1970 – 1974, PROF. IR. SOEKISNO HARDIKOEMORO
- Rektor Uncen Periode 1975 – 1978, PROF. DR. IR. RUBINI ATMAWIDJAYA
- Rektor Uncen Periode 1979 – 1983 dan 1983 – 1987 PROF. DR. IR. RUDY TARUMINGKENG, MF.
- Rektor Uncen Periode 1988 – 1992 dan 1992 – 1996, DRS. AUGUST KAFIAR, MA
Merupakan alumnus Uncen dan orang Papua pertama yang dipercayakan memimpin Uncen. - Rektor Uncen Periode 1996 – 2000 dan 2000 – 2005, PROF. IR . FRANS A. WOSPAKRIK, M.SC.
- Rektor Uncen Periode 2005 – 2010 dan 2010 – 2011, PROF. DR. B. KAMBUAYA, MBA.
- Rektor Uncen Periode 2011 – 2013, DRS. FESTUS SIMBIAK, M.PD
- Rektor Uncen, Periode 2013 – 2015, PROF. DR. KAREL SESA, M.SI.
- Rektor Uncen (PAW), priode 2015 – 2017, DR. ONESIMUS SAHULEKA, SH., M.HUM.
- Rektor Uncen, Perioode 2017 – 2021, DR. IR. APOLO SAFANPO, ST,. MT.
- Rektor Uncen, Periode 2022 – sekarang, DR. OSCAR O. WAMBRAUW, SE, M.Sc.Agr.