Rektor
Dr. Ir. Apolo Safanpo, ST., MT. dikenal sebagai Rektor disiplin dan murah senyum. Karena kerja kerasnya untuk membentuk dosen, pegawai dan mahasiswa lebih disiplin dalam bekerja dan belajar, sehingga beliau dipercaya memegang jabatan Rektor mulai tahun 2017 sampai dengan 2021.
Pendidikan Tinggi didapat di luar Papua, S1 Jurusan Teknik Sipil di Universitas Negeri Surakarta tahun 1999. Pendidikan S2 di ITS Surabaya tahun 2002, Pendidikan S3 (Doktor) di Universitas Diponegoro Semarang tahun 2016. Sebelum menjadi rektor, beliau menjabat sebagai Dekan di FT tahun 2012-2017, Ketua Jurusan Teknik Sipil FT tahun 2003-2005, Pembantu Dekan III FT tahun 2005-2012.
Wakil Rektor Bidang Akademik (WR I)
Dr. Onesimus Sahuleka, SH., M.Hum. adalah lulusan dari Fakultas Hukum Universitas Hasanuddin-Makassar, pada bidang Hukum Perdata pada tahun 1998. Ia kemudian melanjutkan pendidikan dan meraih gelar Master pada Ilmu Hukum Universitas Airlangga Surabaya tahun 1994, dan gelar Doktor dalam bidang Ilmu Hukum di Universitas Padjadjaran-Bandung tahun 2008.
Beliau pernah menjabat sebagai Kabag. Hukum Perdata FH-Uncen tahun 1995-1997, Pembantu Dekan I FH tahun 1997-2005, Sekretaris LP2M pada tahun 2005, Sekretaris Program S2 Ilmu Hukum Uncen, Wakil Rektor I tahun 2013-2015, Rektor antar waktu yang ditunjuk langsung oleh Menristekdikti pada tahun 2015-2017.
Wakil Rektor Bidang Umum dan Keuangan (WR II)
Prof. Dr. Arung Lamba, SE., M.Si. adalah lulusan dari Fakultas Ekonomi Jurusan Studi Pembangunan Universitas Hasanuddin Makassar tahun 1985. Pendidikan S2 dibidang Perencanaan Pembangunan Wilayah pada Fakultas Ekonomi Universitas Haasanuddin tahun 1997. Gelar Doktor diraih pada tahun 2010 dibidang Ilmu Ekonomi dan Bisnis Fakultas Ekonomi Universitas Brawijaya Malang.
Di tahun 2015 dikukuhkan sebagai Profesor dengan Judul tulisan Fleksibilitas dan Produktivitas Sektor Informal di Papua. Sebelum menjabat sebagai Wakil Rektor II, beliau pernah menjadi Asisten Direktur II Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih (2010-2014) dan Ketua Program Doktor Ilmu Ekonomi Universitas Cenderawasih (2011-2018).
Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan (WR III)
Dr. Jonathan Kiwasi Wororomi, S.Si.,M.Si. adalah lulusan S1 Ilmu Matematika di Universitas Negeri Surakarta-Solo tahun 1997, Program S2 (Master) Ilmu Matematika di ITB Bandung tahun 2006, dan pada Tahun 2016 menyelesaikan program Doktor di Institut Teknologi Surabaya pada Bidang Statistik.
Jabatan yang pernah diberikan sebagai Koordinator PSS Uncen 2007-2011, Pembantu Dekan III FMIPA Uncen tahun 2007-2009.
Wakil Rektor Bidang Kerjasama (WR IV)
Fredrik Sokoy, S.Sos., M.Sos. adalah lulusan S1 Jurusan Antrologi Fakultas FISIP Universitas Cenderawasih tahun 1994. Gelar magister diperoleh pada tahun 2002 dibidang Antrologi Universitas Indonesia, dan Doktor (s3) Ilmu Sosial di Universkitas Cenderwasih tahun 2019.
Sebelum menjabat sebagai WR IV, beliau menjabat sebagai Wakil Rektor III Periode 2013-2017. Jabatan di Fakultas FISIP Uncen pernah menjabat sebagai Pembantu Dekan I tahun 2009-2013. Tahun 2004-2009 sebagai Kepala UPT Museum Uncen.
